La leche se cuaja cuando se mezcla con vinagre porque el ácido del vinagre hace que las moléculas de proteína en la leche se junten para formar sólidos visibles. Los sólidos flotan en el suero claro y forman leche cuajada.
La leche se compone principalmente de proteínas, azúcar y grasa. Normalmente, las moléculas de proteína en la leche se repelen entre sí y flotan por separado en el suero. Agregar un ácido, como el vinagre, aumenta el número de moléculas de hidrógeno cargadas positivamente en la solución. Estas moléculas de hidrógeno se unen a las moléculas de proteínas, lo que las hace atraer otras moléculas de proteínas. Cuando las moléculas de proteínas se unen, forman cuajadas, que flotan en el suero líquido.
Agregar vinagre a la leche es común en la preparación del queso. Las recetas de queso requieren calentar la leche porque la cuajada ocurre más rápido a temperaturas más cálidas. Sin embargo, al agregar vinagre a la leche para hacer un sustituto del suero de leche, usar leche fría hace que la leche se espese y tenga una calidad ligeramente ácida sin cuajar y separar completamente la cuajada del suero.
La leche se cuaja cuando su acidez aumenta por cualquier motivo. Así, la leche echada a perder también cuaja. Esto se debe a que los procesos metabólicos que producen las bacterias en la leche se liberan de ácido láctico y el ácido láctico aumenta la acidez de la leche, lo que provoca la formación de cuajada. El jugo de limón también hace que la leche se cuaje.