La leche se cuaja cuando su acidez hace que la caseína, una de las principales proteínas de la leche, sea atraída por otras moléculas de caseína y se acumule, según About.com. Esto crea masas sólidas de grasa y proteínas conocidas como cuajada, y un fluido translúcido con otras proteínas disueltas conocidas como suero de leche. Esto ocurre ya sea como resultado del deterioro después de que las bacterias consumen suficientes azúcares en la leche o deliberadamente al agregar ácido a la leche caliente.
La leche tiene una población natural de bacterias que la pasteurización no elimina por completo. Estas bacterias se alimentan de los azúcares de la lactosa en la leche, liberando ácido láctico como producto de desecho. Una vez que este ácido alcanza niveles suficientemente altos, las grandes moléculas de caseína, que normalmente no se atraen entre sí, ganan atracción y comienzan a formar masas sólidas. Este proceso de agrupación ocurre mucho más fácilmente a temperaturas más altas porque las moléculas se mueven más rápidamente, lo que las hace más propensas a encontrarse entre ellas a estas temperaturas. La leche fría con altos niveles de ácido puede permanecer completamente líquida durante largos períodos de tiempo.
Para ciertos quesos y otros fines, la cuajada se hace deliberadamente con leche fresca. Esto se hace más a menudo con jugo de limón o vinagre. Las cuajadas creadas se filtran y se usan para quesos frescos como el ricotta o paneer. Los procesos controlados similares a la cuajada también son la forma en que se crea el yogur y productos similares.