Mientras que el queso natural se elabora con ingredientes totalmente naturales y maduros, el queso procesado generalmente se elabora parcialmente con queso natural con conservantes e ingredientes artificiales añadidos. Luego, el queso procesado se emulsiona y se presiona en forma para cortarlo o extruirlo en latas y tarros. El queso procesado generalmente también tiene un contenido de sodio mucho más alto que el queso natural y, a diferencia del queso natural, generalmente es estable en almacenamiento.
La mayoría de los quesos naturales están hechos de ingredientes muy simples: leche, cuajo (enzimas producidas en los estómagos de los rumiantes) y sal. Los sabores y texturas naturales del queso se derivan principalmente de diferentes tipos de leche y cuajo. Después de drenar el suero de la cuajada, se forma en ruedas y se envejece (en algunos casos de 60 días a tres años) para lograr el sabor correcto.
Si bien los quesos procesados contienen algo de queso natural, también contienen suero, cultivo de queso y otros aditivos como citrato de sodio, fosfato de sodio y ácido sórbico. Además, a diferencia de muchos quesos naturales, gran parte del queso procesado contiene annatto para colorearlo de naranja. La mayoría del queso procesado ha sido diseñado para una larga vida útil, por lo que una vez que se emulsiona y se mezcla, se puede envasar y enviar de inmediato. Aunque en algunos aspectos es más conveniente que el queso natural, el queso procesado también suele ser más caro que las variedades comunes como el queso cheddar y el suizo.
