El pan Babka puede haberse originado con judíos de Europa del Este, o puede ser un pariente lejano de pannetone italiano. Se desconocen los orígenes exactos del pan Babka.
El pan de Babka puede haberse originado en Polonia o Ucrania. Una teoría plantea que solía ser parte de un antiguo ritual de fertilidad como parte del sistema matriarcal. Este tipo de pan enrollado y relleno es especialmente popular en Rusia, Bielorrusia, los países bálticos, Polonia y Ucrania. El nombre "babka" está relacionado con "babcia", la palabra eslava para abuela. Una teoría es que la sartén tradicional polaca utilizada para hornear babka se parece a los pliegues de la falda de una anciana. Otra teoría sobre el nombre es que las abuelas fueron las principales panificadoras del plato.
Otra teoría afirma que babka en realidad se originó en Italia, donde se la ve como una versión "rusificada" del pan pannetone italiano. Posiblemente la reina Bona Sforza trajo la tradición con ella a Polonia en el siglo XVI. La idea de que la babka se originó en Italia se apoya en la inclusión del chocolate en algunas versiones. Los judíos se convirtieron en chocolateros en Italia y trajeron la tradición cuando huyeron de la Inquisición española en el siglo XV.
Babka fue una vez mucho más grande que la versión actual. A principios del siglo XIX, los panaderos polacos comenzaron a utilizar la masa de challah de huevo para hacer un postre con mermelada, canela o pasas, que constituían la base del moderno pan babka.
