La fruta se descompone porque las bacterias, hongos y otros microorganismos invaden la fruta y secretan las enzimas que causan la descomposición. Acelerando el proceso de descomposición junto con las enzimas que se producen naturalmente en la fruta, el éxito de estos organismos y las enzimas también están influenciadas por factores ambientales como el oxígeno y el agua.
Para que la fruta se eche a perder, todas las bacterias u hongos deben estar presentes. La fruta que comienza a echarse a perder más rápido normalmente se daña en la superficie de una manera que permite un fácil acceso de los microbios. El oxígeno en el aire también acelera el deterioro al provocar la oxidación de la fruta y proporciona un ambiente de nutrición para los microorganismos. El agua también es esencial para el éxito de los organismos y, dado que las frutas consisten en un gran porcentaje de agua, se alienta aún más el crecimiento de bacterias y hongos.
El primer organismo que normalmente infesta una fruta son los hongos, ya que están más equipados para destruir la pared celular de las plantas. Una vez que esto ocurre, las enzimas secretadas comienzan a pudrir la fruta, lo que hace que sea más favorable para ser el anfitrión de la población de bacterias, lo que aumenta aún más la tasa de podredumbre. Algunos entornos que pueden prevenir la podredumbre de la fruta son los típicos de la conservación de alimentos, como el decapado en soluciones ácidas o la confitura en azúcar.
