La compota de manzana debe refrigerarse después de abrirse y consumirse dentro de siete a 10 días. Tree Top y Mott's, junto con la mayoría de los otros fabricantes de compota de manzana, imprimen las fechas de vencimiento en sus contenedores de compota de manzana. No se recomienda comer puré de manzana que haya expirado.
Mientras que los fabricantes comerciales de compota de manzana pasteurizan su producto para reducir la posibilidad de crecimiento bacteriano u otra actividad patógena, los compuestos en las manzanas están sujetos a oxidación. Cuando hay oxígeno presente, las enzimas de polifenol oxidasa dentro del tejido de la manzana reaccionan con compuestos fenólicos para producir productos secundarios de color marrón.
Los recipientes sellados limitan la cantidad de oxígeno presente que puede provocar un pardeamiento y otros efectos de oxidación, pero no puede eliminarlo por completo. El calentamiento durante el proceso de pasteurización también retarda la actividad enzimática. Aún así, las reacciones químicas inevitablemente continúan, y la calidad del producto cambia en el proceso. Mott's indica que su contenedor de tamaño de porción única será bueno, sin abrir, durante seis a 12 meses. Tree Top varía las fechas de vencimiento impresas en sus contenedores dependiendo del tamaño del contenedor.
