Los granos dentro de las fosas de nectarinas contienen una pequeña cantidad de glucósidos cianogénicos, que el cuerpo metaboliza en cianuro. Sin embargo, la cantidad es tan pequeña que un hoyo representa una pequeña amenaza para un adulto.
Muchas fosas de frutas comúnmente contienen una pequeña cantidad de glucósidos cianogénicos, y las nectarinas no son una excepción. Sin embargo, es poco probable que la pequeña cantidad presente cause daño a un adulto debido a una ingestión accidental. De hecho, pequeñas cantidades de estos granos a veces se usan como aromáticos para mejorar otros alimentos. Se debe tener más cuidado con los niños y las mascotas, ya que tienen una menor resistencia a la toxicidad, aunque el sabor amargo hace que la ingestión intencional sea menos probable.