El pastel de merengue de limón se puede refrigerar, pero el postre no se mantiene bien en el congelador. El pastel puede ser refrigerado por dos o tres días.
El pastel se debe colocar en el refrigerador dentro de las dos horas posteriores a la cocción. Para mantener el pastel fresco, envuélvalo sin apretar en una envoltura de plástico o papel de aluminio. La cobertura del pastel está hecha de ingredientes como la clara de huevo, la crema de tártaro y la maicena, y puede que no mantenga la misma consistencia una vez que esté congelada. Lo mismo puede ser cierto para el relleno de limón de la tarta, que consiste en ingredientes como las yemas de huevo y la maicena. Las claras de huevo duran de dos a cuatro días si están refrigeradas, y las yemas de huevo se mantienen frescas durante uno o dos días cuando están refrigeradas.