Aproximadamente 100 especies de plantas y hierbas contienen cafeína. La cafeína se encuentra con menos frecuencia en las frutas, pero la nuez de cola contiene cafeína, al igual que las semillas del fruto de la planta de guaraná y el árbol del cacao. .
Las plantas de guaraná producen pequeños frutos que tienen semillas con una mayor concentración de cafeína que los granos de café. Algunas especies de la planta de coffea producen frutos rojos y púrpuras comestibles llamados cerezas. Estas cerezas contienen semillas que tienen cafeína. Las plantas de limón, pomelo y naranja contienen cafeína en sus hojas y flores, pero no en las frutas mismas.
La mayoría de las frutas que provienen de plantas con flores no contienen cafeína. La cafeína natural que se encuentra en las plantas y semillas a menudo actúa como un mecanismo de defensa para desalentar a los herbívoros de comer la planta.