Un olor agrio, la decoloración y el crecimiento de moho son signos de que el jugo de naranja se ha echado a perder y debe desecharse. El olor agrio es típicamente el primer signo notable de deterioro, mientras que el crecimiento de moho es uno de los últimos.
Cuando aparezca algún olor anormal o moho en el jugo de naranja, el jugo se debe tirar sin probar. El olor agrio que se produce en el jugo de naranja es causado por los microorganismos que entran al jugo y comienzan a fermentarlo. En algunos casos, esto puede oler a vino, cerveza, vinagre u otros alcoholes. Cuando hay microorganismos presentes, el contenedor que contiene el jugo también puede hincharse o incluso explotar si se permite que el proceso de fermentación continúe sin controlarse.
Un envase sin abrir de jugo de naranja dura entre una y dos semanas en el refrigerador, mientras que un envase abierto de jugo de naranja dura entre cinco y siete días. Una vez que se abre el jugo, debe guardarse en un recipiente con una tapa bien ajustada para evitar que entren contaminantes y humedad, lo que puede acortar aún más la vida útil. Después de abrirse, el jugo de naranja se debe almacenar de inmediato en el refrigerador para evitar el crecimiento de bacterias. El jugo de naranja también se puede congelar para prolongar su vida útil.