La leche se cuaja porque sus bacterias naturales consumen azúcar en la leche, lo que hace que se vuelva ácida, lo que crea una separación en sus proteínas. Este es esencialmente el mismo proceso natural que produce el queso.
La leche contiene bacterias naturales que comienzan a alimentarse y multiplicarse desde el momento en que se cultivan. Las bacterias en la leche se alimentan de sus azúcares naturales, también conocidos como lactosa. Una vez que el nivel de lactosa se agota lo suficiente como para inclinar el equilibrio del pH de la leche, las proteínas naturales ya no son lo suficientemente estables como para repelerse entre sí. En su lugar, se atraen entre sí y forman cuajos. Esto produce lo que se conoce como "leche agria".
Este mismo principio es la razón por la cual la leche se cuaja cuando se agrega a alimentos o bebidas con un alto contenido de ácido. La mezcla separada se conoce como cuajada y suero de leche, siendo el suero el elemento líquido. Contrariamente a la creencia popular, la leche agria no es necesariamente incomible. El queso ricota es una proteína de la leche que se separa artificialmente del suero de leche mediante la adición de jugo de limón o vinagre para acelerar el proceso de acidificación. También es un hecho poco conocido que la leche agria se puede usar de manera segura como ingrediente para cocinar.