En 1980, Clarksville Natural Grocery se fusionó con Safer Way Natural Foods de Austin, Texas, para convertirse en Whole Foods Market. Una inundación del año siguiente dañó gravemente la tienda, el inventario y el equipo.
La expansión inicial deWhole Foods se produjo mediante la fusión y adquisición de otras tiendas y empresas. Los primeros mercados de Whole Foods fuera de Austin fueron en Houston y Dallas. En 1988, Whole Foods Market adquirió The Whole Food Company de Nueva Orleans, su primera expansión más allá de Texas. A lo largo de la década de 1990 y principios de la década de 2000, la compañía continuó adquiriendo tiendas de alimentos naturales y construyendo otras nuevas. A partir de 2015, Whole Foods opera más de 420 tiendas en Estados Unidos, Canadá y el Reino Unido.
