Chipotle permite a los clientes realizar pedidos en línea para recogerlos. Los usuarios inician sesión o crean una cuenta y hacen clic en el botón Ordenar ahora. Chipotle también incluye un formulario de pedido por fax y la opción de pedidos de grupo en línea, y para los usuarios de teléfonos móviles, la aplicación Chipotle ofrece opciones de pedido.
La página de orden presenta las opciones de entrada, que los usuarios personalizan al elegir la carne, el tipo de arroz, los frijoles y las coberturas. Guarniciones y bebidas también aparecen en la página. Los usuarios eligen pagar en la tienda o en línea con una tarjeta de crédito o de regalo. En la tienda, los clientes que hicieron sus pedidos en línea van directamente al registro de recolección.