Las desventajas de comer alimentos orgánicos incluyen costos más altos y menor disponibilidad que los productos convencionales. Los agricultores que producen productos orgánicos no usan ciertos fertilizantes y pesticidas para estimular el crecimiento de los cultivos y prevenir la propagación de malezas. Aunque hacer esto produce beneficios ambientales, también reduce la producción e impacta los precios al consumidor.
Los agricultores orgánicos enfrentan mayores riesgos de amenazas a los cultivos que los agricultores convencionales. Sus cultivos desarrollan menos resistencia a factores naturales como la sequía y las enfermedades. La menor resistencia produce daños en los cultivos y reduce la producción, lo que requiere aumentos de precios. Los agricultores orgánicos también producen cultivos de baja calidad sin la ayuda de productos agrícolas convencionales. Los productos orgánicos generalmente tardan más en llegar a los estantes de las tiendas que los productos convencionales. El proceso de cosecha, envío y distribución se alarga para los cultivos orgánicos. A su vez, estos cultivos parecen más viejos y menos frescos al llegar a los consumidores.
La falta de disponibilidad predecible resta también el atractivo de los cultivos orgánicos. Los consumidores a menudo encuentran productos agrícolas tradicionales en las tiendas durante todo el año. Los productos orgánicos, sin embargo, llegan durante temporadas específicas. Los agricultores orgánicos cultivan cultivos orgánicos para consumo en forma cruda y para la producción de otros artículos comestibles. Los fabricantes de alimentos usan etiquetas que indican el cumplimiento con los requisitos orgánicos federales, como lo indica el Departamento de Agricultura de los Estados Unidos (USDA). Las etiquetas indican la cantidad de sustancias orgánicas en los productos. Los artículos que llevan etiquetas orgánicas del 100 por ciento se derivan de todos los ingredientes orgánicos. Todos los artículos con etiquetas que indiquen "orgánico" deben contener al menos un 95 por ciento de ingredientes orgánicos.
