Los efectos secundarios del té verde matcha pueden incluir malestar estomacal y estreñimiento. Este té tiene un alto contenido de cafeína y los Institutos Nacionales de la Salud recomiendan no tomar más de cinco tazas al día.
En grandes cantidades, el té matcha, junto con otros tés verdes, también puede causar insomnio, palpitaciones del corazón y mareos. La cafeína en el té puede causar estos efectos, así como diarrea y empeoramiento del síndrome del intestino irritable. Los tés verdes pueden interactuar con algunos medicamentos, particularmente aquellos que controlan la presión arterial y los ritmos cardíacos. Es posible que no sea seguro para las mujeres embarazadas o que están amamantando, según los Institutos Nacionales de la Salud.