Los frijoles refritos pueden ir mal si se dejan en el refrigerador por más de cuatro días. Los frijoles conservan su mejor calidad durante uno o dos meses en el congelador.
No es recomendable almacenar los frijoles refritos en latas. Es mejor retirar los frijoles de la lata después de abrirlos, luego guardarlos en un recipiente de plástico o vidrio con una tapa hermética. Una bolsa de congelador de alta resistencia es aceptable para almacenar frijoles refritos en el congelador por un período prolongado de tiempo. Los frijoles enlatados sin abrir son válidos por dos a cinco años o hasta la fecha de vencimiento sellada. Deseche las latas si están abultadas o abolladas.