El queso suizo tiene agujeros porque las burbujas de dióxido de carbono que se forman en el interior del queso cuando se endurece se convierten en agujeros cuando se rebana el queso. Uno de los tipos de bacterias que se utilizan en el cultivo del queso suizo produce dióxido de carbono como parte de su metabolismo.
La bacteria Propionibacterium freudenreichii, que es una de varias especies de bacterias utilizadas en la producción de queso suizo o emmentaler, produce dióxido de carbono a partir de la fermentación del ácido láctico mientras el queso se está curando. Esta bacteria se encuentra en grandes cantidades en los quesos suizos y emmentales que en otros tipos de quesos, lo que explica por qué las burbujas son más evidentes en estos quesos que en la mayoría de los otros quesos.
