El deterioro de los alimentos es causado por bacterias, levaduras, hongos, las enzimas propias de los alimentos, los insectos, la fluctuación de la temperatura y la oxidación. Cuando se comen, los alimentos que son dañados por las bacterias u otros microbios representan un peligro de enfermedad humanos.
El control del calor, la humedad y el pH ayuda a inhibir el deterioro al prevenir el crecimiento microbiano y ralentizar el proceso de descomposición natural de los alimentos. La cocción de alimentos desactiva las enzimas y mata las bacterias y los hongos, pero este proceso es solo permanente para las enzimas. Las bacterias y los hongos vuelven a infectar los alimentos cocidos, a menos que se tomen medidas para evitar su retorno, como el control de la temperatura y la humedad.
Los cambios causados por enzimas, oxidación, bajas temperaturas o luz son generalmente cosméticos. Inducen cambios indeseables en el sabor, la textura o el aspecto de los alimentos, pero no hacen que los alimentos no sean seguros para comer. Con la excepción de las lesiones a baja temperatura, este daño ocurre en condiciones que permiten el crecimiento microbiano; La comida también puede estar contaminada con bacterias o moho y no ser segura para comer por ese motivo. La lesión a baja temperatura es una excepción porque se produce solo en condiciones que inhiben el crecimiento microbiano.
Diferentes alimentos son más vulnerables a diferentes tipos de deterioro. El crecimiento bacteriano es más frecuente en los alimentos con bajo contenido de ácidos y proteínas, como las carnes y los productos lácteos, mientras que el crecimiento de la levadura se produce en alimentos con un alto contenido de azúcar. Tanto el moho como la levadura son capaces de dañar los alimentos con alto contenido de ácido, lo que los hace más comunes en el deterioro de las frutas y verduras.