Si no está adornado y se almacena en un recipiente bien tapado, la tarta de queso se puede guardar en el refrigerador hasta por una semana. Para conservar el sabor y la textura óptimos, debe guardarse en el refrigerador no más de dos. días antes de servir.
El pastel de queso se puede almacenar en el congelador por un mes o más. Es mejor quitar los aderezos y envolverlos en una capa de envoltura de plástico seguida de una capa de papel de aluminio antes de colocarlos en el congelador. Retirar la tarta de queso del congelador la noche anterior, dejarla envuelta y dejar que se enfríe durante la noche para que se descongele antes de servir proporciona mejores resultados.