Los depósitos de Edamame no son comestibles. El edamame o la soja dentro de la cápsula es comestible.
De acuerdo con el Laboratorio Nacional de Investigación de Soya, las cáscaras de edamame son muy difíciles de comer o digerir fácilmente. En cambio, los comensales deben quitar las semillas de edamame de sus conchas antes de comer. Los comensales pueden usar sus dientes para raspar las semillas o dividir las vainas para usar las semillas en ensaladas o como parte; los comensales luego deben desechar las conchas o agregarlas al compost.
Los edamame a menudo se mantienen en sus conchas para ayudar a mantener la frescura. Los cocineros nunca deben servir edamame crudo, ya que las semillas son difíciles de quitar de sus conchas; los cocineros deben hervir las vainas enteras durante unos 5 minutos o cocerlas al vapor en el microondas.