El comandante en jefe del Ejército Confederado fue Jefferson Davis, quien también fue presidente de los Estados Confederados de América desde 1861 hasta 1865. Hubo muchos líderes del Ejército Confederado que sirvieron bajo Jefferson Davis. Algunos generales confederados famosos fueron Robert E. Lee, John Bell Hood, Thomas "Stonewall" Jackson y Braxton Bragg.
Mientras Bragg lideró el Ejército de Tennessee en 1862, Jackson luchó en la Primera Batalla de Bull Run. El general Lee fue un comandante fundamental durante la Guerra Civil. Al final de la guerra, entregó lo último de las fuerzas Confederadas en Appomattox al general Ulysses S. Grant en abril de 1865.
La Guerra Civil duró desde 1861 hasta 1865. En términos de mano de obra, las fuerzas del sur fueron superadas en número de dos a uno. Fue una guerra costosa en la que murieron casi 620,000 soldados.