El líder más famoso del ejército confederado fue Robert Edward Lee, quien comenzó a comandar al Ejército Confederado del Norte de Virginia el 1 de junio de 1862. Se convirtió en comandante en jefe de todas las fuerzas confederadas el 31 de enero de 1865. pronto se entregará a la Unión General Ulysses S. Grant el 29 de marzo de 1865.
El general Thomas Jonathan Jackson, conocido como Stonewall Jackson, fue responsable de la victoria durante la Primera Batalla de Bull Run, Antietam, Fredericksburg y Harpers Ferry. Murió durante la Batalla de Chancellorsville el 2 de mayo de 1863. Samuel Cooper, Joseph E. Johnston y Nathan Bedford Forrest, quienes más tarde fundaron el Ku Klux Klan, también fueron líderes del ejército confederado.
