Los protozoos son una fuente indirecta de alimento para el hombre, los peces y otros animales. Los protozoos también desempeñan un papel importante en la purificación del agua al descomponer las sustancias de desechos orgánicos en el agua. Los prospectores utilizan los depósitos esqueléticos de los protozoos marinos para determinar la ubicación del petróleo. Los protozoos también causan malaria, una infección que mata y debilita a millones de personas cada año, lo que afecta su capacidad para trabajar.
Los protozoos controlan la población de bacterias del suelo alimentándose de ellas. Al regular las poblaciones bacterianas, los protozoos aseguran que se mantengan en la fase de crecimiento activo. Esto aumenta la velocidad a la que las bacterias del suelo descomponen la materia orgánica muerta. Los protozoos también excretan fósforo y nitrógeno en forma de amonio y ortofosfato. Esta excreción metabólica ayuda a enriquecer el suelo y mejorar el crecimiento de las plantas.
Los biólogos usan protozoos como bioindicadores. La presencia o ausencia de protozoos específicos en un entorno puede indicar alteraciones ecológicas o integridad. Como los protozoos absorben y acumulan toxinas ambientales, también pueden recolectarse y analizarse para detectar la presencia de sustancias tóxicas específicas.
Los depósitos esqueléticos de protozoos marinos muertos se fosilizan y se convierten en importantes rocas sedimentarias. Estos han sido puestos en una gama de usos comerciales, como piedras de construcción, agentes de filtración y abrasivos.
