Una epidemia de viruela azotó el Imperio Inca, debilitándola justo a tiempo para que el conquistador español Francisco Pizarro y sus hombres y aliados la conquistaran. También hay pruebas sólidas de que el imperio ya se estaba desmoronando. , su infraestructura dañada por la sobreexpansión y su gobierno por conflictos.
El emperador inca Huayna Capac murió de viruela junto con su heredero justo cuando los conquistadores hacían contacto con el imperio. Debido a que tenía otros dos hijos, Atahualpa y Huascar, quienes aspiraban al trono, su muerte provocó una guerra civil. Poco después de que Atahualpa matara a su hermanastro Huascar, Pizarro ejecutó a Atahualpa, luego instaló a su propio rey títere, un adolescente llamado Manco Inca.
Los incas se levantaron contra Pizarro una vez más cuando la esposa de Manco Inca fue robada por el hermano de Pizarro. Fueron aplastados por los españoles fuertemente armados, y la creciente devastación de la viruela impidió una mayor resistencia.
