Debido a su asociación con los miembros de Katipunan, José Rizal fue implicado como uno de sus fundadores y fue juzgado por sedición, rebelión y conspiración ante un tribunal militar. Rizal ya estaba en el Mediterráneo cuando fue arrestado en el camino y llevado a Manila para ser juzgado. Fue declarado culpable de los tres cargos. Fue condenado a muerte y fue exiliado a Dapitan en 1893.
Rizal fue arrestado por las autoridades españolas por varios motivos, incluida la fundación de una sociedad, la publicación de libros y periódicos que difundían ideas rebeldes y sediciosas al público, que poseían un paquete de volantes que violaban las órdenes españolas y criticaban la religión difundida Los españoles y la propagación del filibusterismo en Filipinas.
Aunque Rizal fue enviado a Dapitan como prisionero, sus años de estancia en la provincia fueron uno de los períodos más fructíferos de su carrera como médico, agricultor, empresario, ingeniero, maestro, científico y lingüista. Utilizó sus días restantes en Dapitan para mejorar sus habilidades literarias y artísticas. También fue en Dapitan donde Rizal conoció y se casó con Josephine Bracken, la hija de un ingeniero retirado de Hong Kong. Los dos tuvieron un hijo, que murió poco después del nacimiento.