La religión predominante en las colonias de Nueva Inglaterra era el cristianismo, pero en líneas muy diferentes a la Iglesia Anglicana (o Iglesia de Inglaterra) de que los colonos habían huido. El enfoque puritano del cristianismo era a distancia sus prácticas del catolicismo, una tarea que consideraron que el anglicanismo había fracasado. Específicamente, rechazaron la estructura episcopal (jerárquica) de la Iglesia Anglicana, con su clasificación de vicarios, obispos y arzobispos, y en su lugar buscaron implementar una estructura congregacionalista según la cual cada iglesia o congregación fuera más o menos independiente y autónoma. .
Esta estructura congregacionalista permitió a las iglesias organizar sus propios impuestos y contratar, así como despedir, a sus propios ministros. También fueron muy selectivos con su membresía, a pesar de que la asistencia a la iglesia era obligatoria. Los altos estándares de la Iglesia Puritana dificultaron su supervivencia a través de las generaciones, y los líderes de la iglesia se vieron obligados a suavizar sus requisitos con el "Pacto a medio camino" en 1662. Esto permitió que los niños bautizados que se negaron a dar testimonio recibieran una membresía parcial , pero no la santidad, lo que les habría permitido votar sobre los asuntos de la iglesia y tomar la comunión.
Los puritanos idealistas religiosamente también eran conocidos como no separatistas para distinguirlos de los grupos de reformistas eclesiásticos más extremos, aunque mucho más pequeños, conocidos como separatistas. Este grupo, quizás más comúnmente conocido como los peregrinos de la colonia de Plymouth, había llegado antes que los puritanos, buscando una ruptura mucho más extrema de las tradiciones de la Iglesia Anglicana.
