La principal diferencia entre los cilios y los flagelos es la forma en que están organizados. Los cilios y los flagelos son extensiones flexibles que ayudan a las células a moverse.
Los cilios y los flagelos son orgánulos celulares estructuralmente similares o extensiones que ayudan en el movimiento celular. Las células típicamente tienen uno o dos flagelos más largos y muchos cilios más cortos. El movimiento de golpeo de los cilios es diferente del de los flagelos, ya que los flagelos se mueven en forma de onda y los cilios se mueven de una manera más complicada.
Un solo flagelo puede mover una celda de manera similar a un látigo, o dos flagellas pueden moverse en tándem. Sin embargo, los cilios cubren la mayor parte del cuerpo de la célula y baten de manera coordinada.