Los protistas se mueven utilizando cilios, flagelos y pseudópodos. El método de locomoción varía según el tipo de especie protista y el lugar donde viven.
El movimiento de algunos protistas es habilitado por los cilios, que son pequeñas proyecciones similares a pelos que se extienden desde sus superficies o desde dentro de las células. Los cilios permiten a los protistas moverse en patrones rítmicos mientras nadan a través del agua. Otros protistas se mueven usando flagelos, que son apéndices largos y parecidos a hilos que parecen látigos largos y ayudan a los organismos a moverse constantemente a través de corrientes y ondas. Pseudopodia es el tercer tipo de locomoción protista. Este movimiento implica una proyección temporal de citoplasma a través de ciertas células, como los fagocitos.