La nueva Constitución de los Estados Unidos de América, redactada en septiembre de 1787 y finalmente ratificada por los 13 estados en 1790, recibió la aprobación sustancial de Thomas Jefferson. Sin embargo, no estuvo de acuerdo. sobre una serie de cuestiones, muchas de las cuales fueron manejadas por enmiendas posteriores.
Thomas Jefferson resumió sus pensamientos sobre la nueva Constitución en una carta a Francis Hopkinson fechada el 13 de marzo de 1789. En esa carta, Jefferson aprobó, como él dijo, la "gran misa" de la nueva Constitución. En particular, respaldó la consolidación del gobierno y su organización en los poderes ejecutivo, legislativo y judicial. También favoreció la naturaleza bicameral de la legislatura, así como la manera diferente de votar entre los dos, lo que en su opinión permitió un "compromiso feliz" entre los intereses de los estados más y menos poblados. Jefferson también estuvo de acuerdo con el poder fiscal del gobierno federal.
Sus preocupaciones sobre la derogación de los derechos individuales por parte de la legislatura, así como el ejecutivo, se abordaron en la Declaración de Derechos, que fue ratificada y agregada a la Constitución en 1791. Sin embargo, su interés en los plazos para el ejecutivo, sin embargo, no se abordó hasta que la Enmienda 22 limitó al ejecutivo a dos términos. El Congreso aprobó la enmienda en 1947, y todos los estados la ratificaron en 1951.