La posición de Thomas Jefferson sobre la tarifa de protección era negativa, aunque aceptó que era necesario. En un momento, Jefferson había creído en el libre comercio, pero llegó a comprender que nunca funcionaría a menos que todas las naciones lo aceptaran, afirma la Historia de los Estados Unidos.
Jefferson creía que un gobierno central fuerte inevitablemente amenazaría las libertades individuales. Favorecía una sociedad más simple, agraria. Aunque las tarifas fomentaban el crecimiento de la cultura de la ciudad que Thomas despreciaba, se dio cuenta de que eran un mal necesario. Jefferson también se dio cuenta de que las tarifas y los impuestos eran las únicas formas de arreglar la deuda de la nación. Aunque Jefferson favoreció el arancel, hizo poco por apoyarlo, y su partido demócrata-republicano mostró poco interés en él, afirma el Proyecto de Historia de Carolina del Norte. Jefferson sí previó las consecuencias del arancel, que apoyaba la economía industrial y manufacturera, pero su opinión era que una economía fuerte y una nación autosuficiente eran más importantes que su sueño de una sociedad agraria. Aunque algunos de los partidarios de Jefferson se sintieron traicionados por su postura en la tarifa, indudablemente había un razonamiento sólido y lógico detrás de su decisión. Jefferson también optó por el arancel como un medio para evitar el impuesto directo a los ciudadanos, afirma The Freeman.
