En un cromosoma, los genes se organizan de manera lineal a lo largo del cromosoma, pero los cromosomas solo se alinean en pares homólogos durante la división celular. Durante la mitosis (división celular típica), los cromosomas se alinean a través Acción de los centros organizativos llamados centriolos.
Un cromosoma es técnicamente una hebra lineal de ADN. Sin embargo, este ADN se enrolla estrechamente en estructuras llamadas nucleosomas por complejos de proteínas especiales llamadas histonas y se condensa aún más durante la división celular. Como resultado, el ADN se enrolla y se dobla muchas veces, y la ubicación de un gen a lo largo del cromosoma condensado puede no reflejar su ubicación exacta a lo largo del cromosoma cuando no está agrupada. Los andamios que forman el esqueleto del cromosoma y las histonas que el ADN envuelve son consistentes entre los cromosomas, por lo que los genes homólogos se alinean exactamente en cromosomas pareados.