Se desconoce la causa de la muerte de John Hancock. Sin embargo, se sabe que tenía gota y su salud había estado en declive varios años antes de su muerte. Murió en su casa en 1793 a la edad de 56 años cuando aún era gobernador de Massachusetts.
Aunque John Hancock desempeñó un papel fundamental en la organización de las colonias y la fundación de los Estados Unidos, es más famoso por su firma. Es difícil pasar por alto la firma de John Hancock al revisar una copia de la Declaración de Independencia. Es fácilmente el más legible y reconocible en el documento. En el momento de la firma, Hancock era el presidente del Congreso Continental. Como tal, fue el primero en firmar el documento. La leyenda dice que Hancock firmó su nombre con tanta audacia porque quería asegurarse de que el Rey de Inglaterra pudiera leer su nombre sin gafas. Hasta el día de hoy, la solicitud de "poner su John Hancock" en un documento es una forma de pedirle a alguien que lo firme. Aunque Hancock tenía aspiraciones presidenciales cuando llegó el momento de elegir a los funcionarios para gobernar los recién formados Estados Unidos, fue derrotado por un George Washington en la primera elección presidencial.