Durante la Muerte Negra, los flagelantes eran grupos de personas que vagaban de ciudad en ciudad azotándose entre sí con azotes. Creían que la plaga era un castigo de Dios y que su autoestima La mutilación era una forma de expiación.
La llegada de la Muerte Negra extendió el miedo y el pánico en toda Europa. En octubre de 1347, varios barcos comerciales genoveses atracaron en Messina, Sicilia, con todos los miembros de la tripulación muertos o muriendo. Esta misteriosa enfermedad cubría la piel con grandes forúnculos negros que filtraban el pus y la sangre. Durante los siguientes cinco años, la plaga se extendió por toda Europa y mató a más de 20 millones de personas, lo que representa casi un tercio de su población total.
Aunque los científicos ahora se dan cuenta de que las pulgas en ratas portaban un bacilo que traía la Muerte Negra y que también viajaba de persona a persona por el aire, entonces nadie tenía idea de qué causó la aterradora enfermedad. La gente huyó de los enfermos y los dejó morir en las calles. Algunos atribuyen la enfermedad a causas sobrenaturales. Otros, sin embargo, como los flagelantes, afirmaron que fue el resultado de pecados como la herejía, la blasfemia, la fornicación, la codicia y la mundanalidad. Al llegar a una ciudad, los flagelantes se golpeaban ritualmente tres veces al día durante 33 días y medio. Cuando terminaron, se trasladarían a la siguiente ciudad y repetirían el ritual. Aunque el Papa al principio toleró el movimiento de los flagelantes, eventualmente comenzó a creer que los penitentes estaban usurpando su autoridad. En 1349 denunció el movimiento y desapareció poco después.
