Los cromosomas fueron descubiertos por primera vez en 1842 por el botánico suizo Karl Wilhelm von Nageli. El nombre "cromosomas", que significa "cuerpos de color", fue acuñado por Edouard van Beneden en 1888.
Aunque von Nageli fue el primero en identificar los cuerpos similares a cuerdas en el núcleo celular, asumió incorrectamente que formaban una red interconectada en todo el organismo. No podía tener ninguna idea de su papel en la herencia, ya que el mecanismo de la división celular no se entendía en ese momento. Von Nageli se hizo famoso en la historia científica como el hombre que desalentó a Gregor Mendel de continuar su innovador trabajo sobre la herencia.