Los dinoflagelados autótrofos crean sus propios alimentos al convertir la energía de la luz en energía química mediante la fotosíntesis. Los dinoflagelados heterótrofos reciben nutrición del procesamiento de otras sustancias orgánicas complejas. Estos dinoflagelados se alimentan de algas, otros dinoflagelados y las larvas o huevos de plancton marino.
Los dinoflagelados son organismos marinos unicelulares que constituyen un componente importante en el plancton. Están presentes en un gran número de especies de algas y pueden vivir en agua dulce, estuarios, mares tropicales o incluso en el Ártico. Estos microorganismos en las algas planctónicas proporcionan alimento para ostras, vieiras, almejas y larvas de crustáceos. Una explosión en la densidad de población de los dinoflagelados fotosintéticos puede decolorar el agua creando el fenómeno comúnmente conocido como "marea roja".
