La clasificación de las 28,000 especies de peces vivos varía de una a otra; sin embargo, todos son parte del Reino Animal, el phylum Chordata y el subphylum Vertebrata. Dentro de este subphylum, cuatro clases diferentes contienen peces, incluyendo Myxini, Cephalspidmomorphi, Chondrichthyes y Osteichthyes. Estas cuatro clases se dividen en numerosas familias, géneros, especies y subespecies.
Los Mxyini y Cephalspidomorphi están compuestos por el hagfish primitivo y lampreas, respectivamente. Estos peces carecen de mandíbulas y se cree que son descendientes de algunos de los peces más antiguos. La clase Chondrichthyes está compuesta por tiburones, rayas y sus aliados. Estos peces carecen de esqueletos óseos y en su lugar presentan esqueletos cartilaginosos. Finalmente, los Osteichthyes están representados por el pez óseo. Los peces más comunes y familiares, como la trucha, el bajo y la perca, son miembros de los peces óseos.
Si bien es poco probable que la clasificación científica de los grandes grupos cambie y esté respaldada por una cantidad significativa de evidencia, muchos aspectos de la taxonomía de los peces están destinados a cambiar en un futuro próximo. Muchos grupos de peces son poco conocidos y solo se conocen de algunos especímenes. Esto puede hacer que sea difícil colocarlos en el lugar adecuado dentro del árbol genealógico de los peces.
