Un conejillo de indias puede hacer caca más de 150 veces al día. No todos los desechos terminarán en la jaula porque el roedor se comerá las heces blandas.
El conejillo de indias debe comer la caca para prosperar y mantener un sistema digestivo funcional, y si no puede, puede verse afectado o desnutrido. Si el animal es grande o está embarazada y no puede llegar al recto con la boca, se deben dejar algunas heces en el fondo de la jaula para que el animal las ingiera. Hay almohadillas que se pueden usar para desechar cobayas y tratar la materia fecal que el roedor no come.