Una de las principales diferencias entre los protistas y las bacterias es que los protistas son organismos eucarióticos, mientras que las bacterias son procariotas. Otra diferencia es que los protistas pertenecen al reino Protista, mientras que las bacterias son miembros del reino Monera. Las bacterias son organismos unicelulares que no contienen orgánulos como un núcleo o cloroplastos.
Los protistas también son organismos unicelulares, pero tienen un núcleo y otros orgánulos intracelulares. Ejemplos de protistas son ameba y paramecium.Algunas similitudes entre estos dos organismos son que ambos pueden ser organismos unicelulares, que pueden permanecer en una posición o moverse a través de estructuras como flagelos. Otra similitud es que los miembros de cada reino pueden ser autótrofos o heterótrofos. Los autótrofos pueden hacer su comida, mientras que los heterótrofos no pueden hacer esto.