Los hongos son organismos eucariotes multicelulares, mientras que las bacterias son procariotas unicelulares. Las células de los hongos tienen núcleos que contienen los cromosomas y otros orgánulos, como las mitocondrias y los ribosomas. Las bacterias son mucho más pequeñas que los hongos, no tienen núcleos u otros orgánulos y no pueden reproducirse sexualmente.
Todos los eucariotas, incluidas las plantas, los animales y los hongos, tienen células con núcleos y una gran variedad de orgánulos complejos que se utilizan para llevar a cabo diversas funciones biológicas. Los hongos tienen paredes celulares y se reproducen tanto sexual como asexualmente mediante el uso de esporas. No pueden realizar la fotosíntesis y deben absorber los nutrientes al descomponer el material orgánico. Muchas especies de hongos juegan un papel importante en los ecosistemas al descomponer plantas y animales muertos. Los científicos estiman que hay más de 2 millones de especies de hongos en la Tierra.
Las bacterias son uno de los dos tipos principales de procariotas junto con las arqueas. A diferencia de los hongos, sus células no contienen núcleos. En cambio, su ADN se encuentra en un cromosoma circular que flota alrededor del citoplasma. Las bacterias generalmente se reproducen a través de la fisión, produciendo dos células hijas idénticas. Si bien las bacterias pueden unirse en estructuras complicadas conocidas como biopelículas, no son organismos multicelulares genuinos. En cambio, cada bacteria individual sigue siendo un organismo separado.