Las bacterias y los protozoos están muy relacionados, con las bacterias clasificadas como procariotas y los protistas como eucariotas. Esto significa que los protozoos están más estrechamente relacionados con los humanos que cualquiera de las bacterias. Los dos organismos son estructuralmente distintos. Las células bacterianas carecen de núcleo y los protozoos contienen orgánulos, como las mitocondrias.
Las bacterias son generalmente más pequeñas que los protozoos, que con frecuencia se alimentan de bacterias. Todos los protozoos "comen" envolviendo sus presas en pequeñas bolsas llamadas vacuolas, mientras que las bacterias pueden absorber nutrientes a través de sus paredes celulares. Las bacterias casi siempre se reproducen a través de la simple fisión binaria. Si bien algunos protozoos también usan este método, algunos se dividen en más de dos descendientes y otros se reproducen sexualmente.
