Las teorías sobre lo que le sucedió a la colonia de Roanoke van desde los colonos que mueren a causa de una enfermedad hasta el asesinato de las tribus locales de nativos americanos. Otra teoría prevaleciente es que los colonos abandonaron a Roanoke.
Lo que se sabe sobre la colonia de Roanoke es que la colonia estaba formada por 17 mujeres, 11 niños y 90 hombres. La presencia de mujeres y niños implica que la intención de este grupo de ir al Nuevo Mundo fue establecerse y comenzar una nueva vida allí, lejos de Inglaterra.
Cuando se encontró la colonia de Roanoke, no había rastros de los colonos que fueron a establecerse allí. Esto lleva a la primera teoría sobre Roanoke.
La teoría predominante es que, como no se encontraron colonos cerca de la colonia Roanoke, los colonos deben haberla abandonado. En cuanto a dónde fueron los colonos después de abandonar la colonia, los investigadores creen que los colonos viajaron a través de Carolina del Norte, utilizando principalmente el sonido de Albemarle y el río Chowan, y se unieron a una de las muchas tribus que encontraron en el camino.
Otras teorías son que los colonos cayeron a enfermedades causadas por microbios del Nuevo Mundo a los que sus cuerpos nunca habían estado expuestos antes o que los nativos americanos mataron a los colonos. En cualquier caso, los investigadores están de acuerdo en que los colonos se separan y esto eventualmente lleva a su desaparición.