Los efectos negativos de las Cruzadas incluían las repetidas derrotas de los ejércitos cristianos, la matanza de inocentes y el saqueo de Constantinopla. La destrucción de Constantinopla rompió cualquier esperanza de reparar el cisma este-oeste en el cristianismo, y este evento dejó al Imperio Bizantino vulnerable al Imperio Otomano.
Las masacres ocurridas durante la Primera Cruzada ocurrieron cuando el Conde Emicho dirigió una campaña que resultó en el asesinato de judíos inocentes en toda Renania durante la Primera Cruzada de 1096. Esto resultó en relaciones tensas entre judíos y cristianos. Los ejércitos cristianos también mataron a hombres, mujeres y niños por centenares en su camino hacia la captura de Jerusalén.
Los ejércitos cristianos sufrieron numerosas derrotas a lo largo de las Cruzadas. Por ejemplo, los ejércitos del rey Luis VII de Francia y el rey Conrado III de Alemania fueron derrotados durante la Segunda Cruzada a manos de los ejércitos musulmanes en Damasco. Los cruzados que ocupaban Jerusalén fueron conquistados por el gobernante musulmán Saladin, lo que motivó la Tercera Cruzada.
El pillaje de Constantinopla ocurrió durante la Cuarta Cruzada. El papa Inocencio III derribó a Alex III de Bizancio en favor de su sobrino, quien luego se convertiría en Alejo IV El intento de Alejo de imponer la autoridad romana sobre Bizancio se encontró con resistencia, y posteriormente fue asesinado. Los cruzados declararon la guerra a Constantinopla, lo que resultó en la conquista y el saqueo de la ciudad. Las iglesias también fueron saqueadas, y muchas personas fueron asesinadas.
