El puritanismo fue la religión principal de la New Hampshire colonial. La Iglesia Puritana finalmente dio paso a la Iglesia congregacionalista, que es una combinación de las creencias del Puritanismo con las denominaciones Protestante, Cuáquera y Bautista.
Fuera del colonial Rhode Island, el puritanismo fue la religión dominante para todos los colonos de Nueva Inglaterra. Los puritanos llevaban vidas religiosas estrictas, y los disidentes eran tratados con dureza. En 1689, el Parlamento inglés aprobó la Ley Tolerante, que detuvo el castigo corporal para los disidentes, como recortar los oídos de los cuáqueros o azotar públicamente a los bautistas. Este acto liberó a otras religiones para establecer iglesias en colonias puritanas sin castigo. El puritanismo y el congregacionalismo continuaron siendo la religión predominante hasta que el Gran Despertar encendió el movimiento protestante a mediados del siglo XVIII.
