La principal diferencia entre el zooplancton y el fitoplancton es que el fitoplancton tiene la capacidad de fabricar su propio alimento a través de la fotosíntesis o la quimiosíntesis. Los zooplancton son incapaces de producir su propio alimento. Los zooplanctones son plancton animales, mientras que los fitoplanctones son planctones que son capaces de llevar a cabo la fotosíntesis.
Los plancton se conocen generalmente como "flotadores", organismos que se desplazan en ambientes acuáticos. Se dividen en dos grupos: zooplancton y fitoplancton. Ambos grupos se identifican por su nicho ecológico en la base de la cadena alimentaria. La mayoría de los plancton (fitoplancton y zooplancton) son organismos unicelulares. Los fitoplancton son los productores de nivel inferior del océano, mientras que los zooplancton son los consumidores de nivel inferior del océano. Los fitoplancton también juegan un papel importante en la tierra. Producen más del 50 por ciento del suministro de oxígeno de la Tierra.
Los fitoplancton se encuentran en regiones que tienen el tipo de energía necesaria para la fotosíntesis o la quimiosíntesis. Esto los restringe a la zona fótica, la región del océano donde puede penetrar la luz, y a las aberturas submarinas. Los zooplancton no se limitan a una fuente externa de energía no orgánica. A diferencia de los fitoplancton, que se limitan a una profundidad de unos 800 pies, los zooplancton no tienen límites de profundidad, pero tienen que estar cerca de una fuente de alimento.
