La microbiota transitoria es un microorganismo que normalmente no vive y se reproduce en o sobre el cuerpo humano. Aunque estos tipos de organismos pueden colonizar un huésped y reproducirse brevemente, las defensas del cuerpo humano no permiten que se conviertan en permanentes.
La microbiota transitoria que se ha recogido se puede lavar fácilmente de la piel. En contraste, la microbiota normal no se puede limpiar de la piel durante el lavado normal de las manos. El mayor peligro planteado por la microbiota transitoria es su capacidad para entrar en el cuerpo humano y causar enfermedades. Normalmente, los microorganismos ingresan al cuerpo humano a través de puertos naturales de entrada o roturas en la piel.