La congelación de alimentos u otros elementos no destruye todas las bacterias u otros microorganismos presentes. Las temperaturas de congelación pueden matar algunas bacterias, y el frío evita que las bacterias crezcan y se multipliquen mientras la temperatura permanezca bajo cero ; sin embargo, llevar los alimentos a temperatura ambiente permite que las bacterias se despierten y comiencen a multiplicarse una vez más.
Cocinar alimentos es un método para eliminar las bacterias. Los diferentes niveles de calor matan a diferentes microorganismos, por lo que el pollo, el cerdo y la carne de res deben cocinarse a temperaturas específicas para que los alimentos sean inocuos para el consumo. La cocción no destruye las toxinas dejadas por el crecimiento bacteriano, así que simplemente cocinar los alimentos a los que se dejó reposar a temperatura ambiente no hace que sea seguro comerlos.
Otro método para matar bacterias en los alimentos es la eliminación del agua necesaria para que las bacterias sobrevivan. Los alimentos salados pueden extraer la humedad, haciendo que los alimentos sean inhóspitos para las bacterias. La deshidratación y el secado por congelación son otros métodos para eliminar la humedad y conservar los alimentos.
A las bacterias también les disgustan los ambientes ácidos. Los alimentos de decapado implican preservarlos en un baño ácido, y si se mantiene la acidez adecuada, evita que las bacterias ingresen o crezcan mientras el ambiente permanezca controlado.