La lluvia ácida amenaza y daña el ecosistema. Puede detener el crecimiento de los árboles, cambiar la acidez del agua y hacer que se liberen sustancias tóxicas del suelo, dañando a muchos animales acuáticos y seres vivos. También debilita los materiales y acelera la erosión natural de las estructuras de concreto.
Los efectos de la lluvia ácida son más palpables en ambientes acuáticos, como marismas, ríos, lagos y arroyos. La mayoría de las aguas superficiales tienen un nivel de pH entre 6 y 8; cuando la lluvia ácida cae directamente sobre el agua o sale de la tierra y llega a los arroyos, aumenta la acidez del agua. Un cuerpo de agua con un nivel de pH bajo no puede mantener una nueva vida. Los pantanos, con sus ecosistemas frágiles, son los que más sufren la pérdida de una especie de peces, ya que los animales de tales ecosistemas dependen unos de otros para prosperar.
La lluvia ácida también evita que las plantas y los árboles crezcan de manera saludable. Cuando la lluvia ácida cae sobre las hojas, desgasta la capa protectora de las hojas y evita que hagan la fotosíntesis correctamente. A medida que la lluvia ácida cae al suelo, activa sustancias nocivas, como el aluminio, en el suelo y luego se abre camino hacia los arroyos y lagos. La lluvia ácida también disuelve los nutrientes y minerales en el suelo que ayudan a promover el crecimiento de las plantas y árboles.
