Los no patógenos suelen ser microbios inofensivos que habitan en un organismo vivo, como Staphylococcus aureus y candida. Algunos microbios no patógenos son bacterias que pueden ser beneficiosas para el organismo humano, como las bacterias del ácido láctico. La mayoría de las bacterias no patógenas, lactococos y bacterias del ácido láctico, provienen de alimentos, como los productos lácteos, la carne y algunas verduras. Estos también son conocidos como bacterias grampositivas y probióticos.
Los patógenos, por otro lado, son bacterias, gérmenes, parásitos y virus que causan infecciones y enfermedades. Sin embargo, desde finales del siglo XIX, ha habido un debate sobre qué tan inofensivos son realmente algunos microbios no patógenos. Según BMC Biology, el mismo microbio puede existir en estados patógenos y no patógenos. En un individuo con un sistema inmunitario deficiente, un microbio no patógeno puede convertirse en un patógeno oportunista, activando los genes malos en microbios que luego pueden causar enfermedades graves.
A partir de 2014, los científicos continúan investigando las causas que pueden hacer que un no patógeno se convierta en un microbio patógeno. Los microbios patógenos a menudo se desarrollan para volverse resistentes a los antibióticos. Según BMC, los antibióticos y la cirugía hacen que un individuo sea más vulnerable y puede desencadenar el desarrollo de un microbio patógeno que causa infecciones o enfermedades. El estafilococo es un microbio que a menudo se convierte en un patógeno que causa infecciones adquiridas en el hospital.