El emparejamiento de bases es el enlace específico de bases de nucleótidos complementarias entre sí en un ácido nucleico. En el emparejamiento de bases, una purina se une a una pirimidina; específicamente, la guanina forma un enlace con la citosina, y los enlaces de adenina con timina o uracilo, dependiendo del tipo de ácido nucleico involucrado.
El emparejamiento de bases es tan específico que si se conoce una cadena de ADN, la otra puede reconstruirse. Este proceso forma la base para la replicación del ADN y la transcripción del ARN mensajero.
La exactitud del emparejamiento de bases proviene del tamaño de las bases. Dos purinas no caben en un peldaño, y dos pirimidinas no son lo suficientemente largas como para abarcar un peldaño de una molécula de ácido nucleico. Este concepto se denomina regla de Chargaff para el emparejamiento de bases de ADN. Esta regla también explica por qué la cantidad de adenina y timina son equivalentes y la cantidad de citosina y guanina son iguales en una molécula de ADN.
