Hay muchos tipos diferentes de peces depredadores que se comen un pez payaso, incluyendo tiburones, anguilas y la mayoría de los peces depredadores que son más grandes que los peces payaso. Sin embargo, generalmente se considera que los humanos son el depredador más grande del pez payaso, ya que los humanos frecuentemente capturan peces de pez payaso para acuarios y tanques de peces debido a su popularidad.
Aunque muchas especies de peces comen un pez payaso si se les da una oportunidad, los peces payaso se protegen a sí mismos a través de una relación simbiótica con las anémonas de mar. Los tentáculos de la mayoría de las anémonas de mar pican a la mayoría de los peces si se acercan demasiado, pero el pez payaso ha desarrollado una resistencia a estas picaduras que les permite vivir dentro y alrededor de los tentáculos sin daño. Los peces payaso se esconden dentro de los tentáculos de las anémonas como una forma de protegerlos de los depredadores, pero también comen las sobras de los peces que la anémona mata y come.
Esta relación no solo es beneficiosa para el pez payaso, ya que a su vez ayudan a las anémonas a mantenerlas limpias. Lo hacen tanto comiendo las sobras de las anémonas como las pequeñas plagas que intentan vivir dentro de la anémona. Los peces payaso también son muy agresivos y, por lo general, ahuyentan otros tipos de peces que intentan comer los tentáculos de la anémona.
